El máximo órgano de gobierno de ENAIRE es el Consejo Rector que, conforme a nuestro Estatuto, representa a la Entidad y supervisa su organización y actividades. Entre sus principales funciones aprueba el Plan Estratégico de ENAIRE (Plan de Vuelo), el Código Ético y las Políticas, así como el Plan de Actuación Plurianual, el Presupuesto Operativo y el Plan Empresarial. Asimismo, le corresponde la aprobación del mapa de riesgos estratégicos, los objetivos de empresa, la delegación de facultades, las Cuentas Anuales y los informes clave: el de información financiera y no financiera, el del Sistema de Gestión de la Ética y Cumplimiento Normativo, y el del Sistema Interno de Información.
Es igualmente órgano de gobierno de ENAIRE la Presidencia de la Entidad, la cual recae en la persona titular de la Secretaría de Estado a la que se atribuyan competencias en materia de transporte.
Los Consejeros de ENAIRE perciben por el desempeño de su actividad en el Consejo Rector las retribuciones o indemnizaciones reconocidas en el art. 28.1 del Real Decreto 462/2002, de 24 de mayo, sobre indemnizaciones por razón del servicio, autorizadas mediante resolución de la Secretaría de Estado de Presupuestos y Gastos, siendo la cuantía máxima 11.735,24 €/año para un total de 11 sesiones. Dicho límite se reducirá proporcionalmente cuando el número de sesiones sea inferior a once.
Los Consejeros que tienen la condición de alto cargo no perciben las mencionadas indemnizaciones puesto que las mismas se ingresan en el Tesoro público.
A los Consejeros que ostentan la condición de alto cargo les resulta además de aplicación lo dispuesto en la Ley 3/2015, de 30 de marzo, reguladora del ejercicio del alto cargo de la Administración General del Estado. En atención al artículo 21.5 de la misma, sus declaraciones de bienes, derechos y obligaciones patrimoniales se publicarán en el BOE mediante Resolución de la Secretaría de Estado de Función Pública.